Entre las funciones de la Junta se encuentran resolver las controversias que se presentan en relación, a determinar el origen laboral o común del accidente,enfermedad o muerte, y/o calificar la pérdida de capacidad laboral o el estado de invalidez.
La organización y funcionamiento de las Juntas de Calificación de Invalidez, está reglamentado a través del Decreto Único Reglamentario del Sector Trabajo, Decreto 1072 de 2015, Titulo 5 , Capitulo 1.